Al het onderzoek dat binnen de UvA plaatsvindt is ondergebracht in onderzoeksinstituten. Elk van de onderzoeksinstituten wordt geleid door een onderzoeksdirecteur, die verantwoordelijk is voor het onderzoeksniveau en de wetenschappelijke oriëntatie van het instituut. De toewijzing van het onderzoeksbudget geschiedt door tussenkomst van de decaan van de faculteit. De UvA neemt verder deel aan een groot aantal nationale onderzoeksscholen waarin onderzoeksinstituten van meer universiteiten samenwerken. Van twaalf onderzoeksscholen is zij penvoerder.