Op dinsdag 20 februari 2007 werd de Agnietenkapel feestelijk heropend door burgemeester Job Cohen.  Na een ingrijpende restauratie fungeert het gebouw nu als locatie voor kleinschalige academische plechtigheden, zoals promoties, symposia en gastcolleges.

De Agnietenkapel is de bakermat van de Universiteit van Amsterdam: in 1632 werd de kapel het onderkomen voor het Athenaeum Illustre, de voorloper van de Universiteit van Amsterdam. Onder leiding van architect ir. Yske Braaksma van Braaksma & Roos Architectenbureau uit Den Haag, is het pand zorgvuldig en ingrijpend gerestaureerd, waarbij de ruimtelijke ontwikkeling door de tijd heen de leidraad vormde. Met de restauratie zijn de verschillende historische lagen zichtbaar gemaakt en aangevuld met een nieuwe laag. Het aangrenzende pand Purperhoedenveem is architectonisch geïntegreerd met de kapel en herbergt facilitaire functies. Ook het beschilderde plafond en de  gebrandschilderde glas in lood ramen in de gehoorzaal zijn gerestaureerd. 

Het gebouw heeft, 375 jaar na de start van het Athenaeum Illustre, weer een belangrijke functie gekregen in het hart van de universiteit en van de stad.